分子グラフ生成のための階層ガイド付きトポロジ潜在フロー

arXiv cs.LG / 2026/3/31

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要点

本論文は、トポロジの妥当性をより適切に制御するために、分子の結合グラフと3D座標を明示的に生成するプランナー–エグゼキュータ方式「Hierarchy-Guided Latent Topology Flow（HLTF）」を提案する。
HLTFは、グローバルな文脈のための潜在マルチスケール計画メカニズムと、制約を考慮したサンプラを用いることで、原子価違反、非連結、または不自然な環構造といった一般的な失敗モードを抑制する。
QM9において、HLTFは98.8%の原子安定性と92.9%のvalid-and-uniqueを報告し、PoseBustersの妥当性を94.0%へ改善する（報告されている最強のベースラインに対して約+0.9）。
GEOM-DRUGSでは、HLTFは後処理なしで85.5%の妥当性と85.0%のvalid-unique-novelを達成し、標準化されたリラクゼーション後には92.2%/91.2%となって、最良の後処理ベースラインと非常に近い性能を示す。
著者らは、トポロジを明示的に生成することで、RDKitのサニタイズには合格するが、より厳密な化学的妥当性チェックでは失敗する「false-valid」分子を減らせると主張する。