ScanpyでPBMCのクラスタリング、アノテーション、軌跡（トラジェクトリー）解析を行う単一細胞RNA-seq解析パイプラインの作り方

MarkTechPost / 2026/5/9

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要点

このチュートリアルでは、PBMC-3kベンチマークデータセットを使ってScanpyによる単一細胞RNA-seqのエンドツーエンド解析ワークフローを解説します。
データセットの読み込みと構造確認に続き、遺伝子数、総カウント、ミトコンドリア含有率、リボソーム遺伝子シグナルを軸にした品質管理（QC）を行います。
低品質な細胞や遺伝子を除外し、二重細胞（ダブルレット）の可能性も検出して、下流解析の信頼性を高めます。
PBMCデータに対する主要タスクであるクラスタリング、細胞アノテーション、軌跡（トラジェクトリー）推定を行えるよう構成されています。

このチュートリアルでは、PBMC-3kベンチマークデータセットに対してScanpyを使用した高度な単一細胞RNA-seq解析ワークフローを実行します。まずデータセットを読み込み、その構造を調査し、遺伝子数、総カウント、ミトコンドリア含量、リボソーム遺伝子シグナルを評価するための品質管理チェックを適用します。次に、低品質の細胞と遺伝子をフィルタリングし、[…]

記事「How to Build a Single-Cell RNA-seq Analysis Pipeline with Scanpy for PBMC Clustering, Annotation, and Trajectory Discovery」は、MarkTechPostで最初に掲載されました。