OpenTME：TCGA由来のH&E腫瘍微小環境プロファイルを収録したAI活用オープンデータセット
arXiv cs.CV / 2026/4/15
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要点
- 本論文は、5種類のがんについて、TCGAのH&E全スライド画像3,634枚から得たAI由来の腫瘍微小環境（TME）プロファイルを収録した、オープンアクセスのデータセット「OpenTME」を紹介する。
- 各スライドは、品質管理、セグメンテーション、細胞の検出・分類、空間近傍解析を行うAIアプリケーション「Atlas H&E-TME」で処理される。
- パイプラインは、スライドごとに4,500件以上の定量的な細胞レベルの出力指標（readouts）を生成し、日常的な病理組織から大規模かつ標準化されたTMEの特徴づけを可能にする。
- OpenTMEは、Hugging Faceで非営利の学術研究向けに公開されており、今後もデータセットの拡張が計画されている。
- 制作者らは、本データセットをバイオマーカー探索、空間生物学研究、ならびに新しい計算機的TME解析手法の開発のためのリソースとして位置づけている。
